农村土地使用证无档案，可以到土地管理部门咨询没有档案的原因。如果确实属于无档案的情形，应当根据要求，重新办理土地使用证的档案。
《土地管理法实施条例》第四条第二款规定，农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。
《不动产登记暂行条例》第十五条规定，当事人或者其代理人应当向不动产登记机构申请不动产登记。
不动产登记机构将申请登记事项记载于不动产登记簿前，申请人可以撤回登记申请。法律依据：《土地管理法实施条例》第四条第二款
农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。
《不动产登记暂行条例》第十五条
当事人或者其代理人应当向不动产登记机构申请不动产登记。
不动产登记机构将申请登记事项记载于不动产登记簿前，申请人可以撤回登记申请。
✫✫✫✫✫有法律问题，请打电话15555555523（123中间8个5），微信同号，免费咨询✫✫✫✫✫农村土地使用证没档案，首先，应该咨询土地管理局，如果系统中也没有档案的话可以找土地使用证可以找寻相关部门办理，准备好材料进行申请办理即可，如果是土地管理人员的疏忽问题可以选择进行上诉，或者选择重新提交材料进行申请法律依据：《中华人民共和国土地管理法实施条例》
第三条 国家依法实行土地登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。土地登记内容和土地权属证书式样由国务院土地行政主管部门统一规定。
土地登记资料可以公开查询。确认林地、草原的所有权或者使用权，确认水面、滩涂的养殖使用权，分别依照《森林法》、《草原法》和《渔业法》的有关规定办理。
第四条 农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。
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第三条 国家依法实行土地登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。土地登记内容和土地权属证书式样由国务院土地行政主管部门统一规定。
土地登记资料可以公开查询。确认林地、草原的所有权或者使用权，确认水面、滩涂的养殖使用权，分别依照《森林法》、《草原法》和《渔业法》的有关规定办理。
第四条 农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。